Una gran cantidad de pueblos han habitado Mongolia desde épocas prehistóricas. La mayor parte eran nómadas que formaron de vez en cuando grandes confederaciones como la que creó Modu Shanyu en 209 a. C. Derrotaron al Donghu, que había sido previamente la fuerza dominante en Mongolia del este. El Shanyu se convirtió en la amenaza más grande a China durante los tres siglos siguientes; la Gran Muralla de China fue construida en parte como defensa contra el Shanyu.
A principios del siglo XIII, el pueblo mongol se hallaba dividido en muchas tribus, con una intensa lucha interior por mantener su reinado y la dominación de una tribu sobre otra. Un destacado lider tribal, Temuujin (1167-1227), hijo de Esugey Baatar, a los 13 años sucede a su padre como jefe tribal, quien con sus cualidades como guerrero, sus dotes para ganarse fieles aliados y bajo la ira de ver saqueado su tribu tras morir su padre, supo disciplinar su tribu y unificar bajo su mando a todos los mongoles a los 25 años y lanzarse a la conquista de todo el mundo a su alcance. En el año 1206 formó el estado mongol y fue proclamado como el gran rey del Imperio Mongol bajo el nombre Gengis Kan.
Gengis Kan y sus sucesores más inmediatos conquistaron prácticamente la totalidad de Asia y la Rusia europea, enviando ejércitos incluso a sitios tan lejanos como Europa Central o el sureste asiático. El nieto de Gengis Kan, Kublai Kan, quien conquistó China y estableció la dinastía Yuan (1279-1368), ganó una gran fama en Europa debido a los escritos de Marco Polo.
Conquistas de Gengis Kan.
Aunque las confederaciones mongolas ejercían un gran poder político sobre sus territorios conquistados, su fuerza declinó rápidamente después de que la dinastía mongola en China fuese derrocada en 1368.
Los Manchúes, un grupo tribal que conquistó China en el año 1644 y formó la dinastía Qing, una dinastía foránea que ocupó el trono imperial en Pekin hasta 1911, consiguieron mantener bajo su control a Mongolia en 1691. Durante la dinastía Qing, bajo cuyo dominio cada región de Mongolia fue administrada de distinto modo de las cuales, la llamada "Mongolia Exterior" equivale al actual estado independiente de Mongolia.
La caída de la dinastía Qing (1616 - 1911) en 1911, a manos de las fuerzas republicanas en China, propició la independencia de la Mongolia Exterior. Aunque fue breve su independencia, ya que las tropas chinas ocuparon la capital mongola en 1919. Mongolia Exterior declaró la independencia de China en 1921 con el apoyo del ejército rojo, y hasta 1924 no se formó un gobierno independiente, cuando la República Popular de Mongolia fue creada con el apoyo soviético.
Durante la Segunda Guerra Mundial, la URSS defendió a Mongolia de Japón. La república de Mongolia fue reconocida como Estado independiente por la República de China en 1946 []pero este reconocimiento sería anulado unos años después. Tras el final de la Guerra Civil China, el nuevo Estado de la República Popular China aceptó la petición soviética de reconocer la independencia de Mongolia, mientras que el remanente del régimen de la República de China, refugiado en Taiwán, continuaría considerando a Mongolia Exterior como una parte de China. A pesar del establecimiento de relaciones diplomáticas, las relaciones entre China y Mongolia se mantendrían distantes, y Mongolia se alinearía con el bando soviético, de manera evidente tras la Ruptura Sino-Soviética de 1958, y albergaría muchas bases militares soviéticas durante la Guerra Fría.
Mongolia ingresó en las Naciones Unidas en 1961.
En 1990, los comunistas abandonaron el control sobre el gobierno, aprobando una nueva constitución en 1992 que creó un estado híbrido presidencial/parlamentario.